Um dos problemas que impulsionou a polêmica se encontra no quinto episódio, cujo título é Olhos vermelhos. Uma cena reproduz o diálogo entre o senador Romero Jucá (PMDB) e o ex-presidente da Transpetro Sérgio Machado ("Precisamos estancar a sangria" é a frase de autoria de Jucá para viabilizar um acordo e interromper a Lava-Jato), que se tornou conhecido em 2016, após vazamento para a imprensa de uma gravação. Mas a produção atribui a fala ao personagem de Lula, que, embora não leve o nome do petista na série, é facilmente associável ao ex-presidente. A cena rendeu comentários negativos na internet e provocou o cancelamento de algumas assinaturas.
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Outro momento alvo de questionamento é que a série começa a partir do escândalo do Banestado, ocorrido durante o governo FHC. Contudo, a adaptação transpõe a falcatrua para 2003, primeiro ano do governo Lula, quando o doleiro Roberto Ibrahim (o "Alberto Yousseff" da ficção) foi investigado, firmou acordo de colaboração com o Ministério Público e ganhou liberdade. A ex-presidente Dilma Rousseff (PT) se manifestou sobre o caso. "A propósito de contar a história da Lava-Jato, numa série 'baseada em fatos reais', o cineasta José Padilha incorre na distorção da realidade e na propagação de mentiras de toda sorte para atacar a mim e ao presidente Lula. A série O mecanismo, na Netflix, é mentirosa e dissimulada. O diretor inventa fatos. Não reproduz 'fake news'. Ele próprio tornou-se um criador de notícias falsas", criticou em artigo no Facebook.
A rejeição à série foi endossada pelo crítico de cinema Pablo Villaça, o único brasileiro inscrito no Rotten Tomatoes, site especializado em cinema, que cancelou a assinatura como repúdio à produção. "Vocês querem cinema de qualidade em vez de merdas recicladas e de um acervo óbvio que não faz a menor ideia do que o audiovisual representa? Cancelem sua assinatura da @NetflixBrasil e assinem o @mubi. INFINITAMENTE melhor", disse no Twitter. O ator global José de Abreu reforçou o manifesto e cancelou a assinatura.
O cineasta José Padilha se posicionou sobre a onda de indignação contra a série e a decisão de imputar ao ex-presidente Lula uma fala de Romero Jucá, considerado por forças progressistas como um dos artífices do golpe parlamentar contra Dilma Rousseff. "É um debate boboca", disse ele em entrevista à Folha de S. Paulo. "Se a Dilma soubesse ler, não estaríamos com esse problema". A Netflix ainda não se pronunciou sobre o assunto.