O complexo prisional tem uma unidade funcionando atualmente, mas receberá mais duas. A Unidade I foi entregue em janeiro de 2018. Foi projetada inicialmente para abrigar detentos do regime semiaberto, mas recebeu adaptação e passou a abrigar mil presos em regime fechado. A segunda está em fase de conclusão pelo governo do estado e deve abrigar outros mil detentos. A terceira unidade ficará sob a responsabilidade do governo federal. O prazo previsto de conclusão é de 24 meses, após a assinatura da escritura. A previsão é que 300 vagas sejam abertas após a conclusão da obra.
Em 17 de dezembro, o governo de Pernambuco formalizou a doação da Unidade III ao governo federal. Na ocasião, o então ministro da Segurança Pública, Raul Jungmann, anunciou a liberação de R$ 50 milhões para a construção do presídio federal no estado. Os governos federal e estadual já tinham assinado, em março de 2018, um termo de compromisso para a federalização do local. O terreno que será doado pelo governo do estado à União tem 5.922. hectares.
Além da construção, o governo federal ficará responsável pela administração e manutenção do espaço. Segundo informações do Ministério da Segurança Pública, a unidade será a primeira penitenciária a atender os condenados da Justiça Federal, não se limitando aos presos de segurança máxima. O projeto modelo de Itaquitinga será o primeiro desenvolvido e construído com o Escritório das Nações Unidas de Serviços para Projetos (UNOPS), seguindo padrões das Nações Unidas e utilizando tecnologias que permitirão um prazo de entrega em meses ao contrário dos 5 anos de demora usuais no Brasil. Itaquitinga, destacou o ministério, servirá de modelo a ser replicado para os próximos presídios federais a partir de agora, podendo servir ainda de referência para outras penitenciárias inclusive estaduais.